Решение: Сначала проверяем установки в Настройка -> Расчет зарплаты. Главным образом нас интересует способ расчета и какие показатели участвуют в расчете совокупной тарифной ставки.
Если способ расчета установлен корректный, но стоимость дня/часа все равно неправильная, надо проверить Совокупную тарифную ставку: Сервис и настройки -> Все функции -> Регистры сведений -> Плановый ФОТ итоги.
Этот регистр редактируется вручную и не имеет прямой привязки на документ основания (хотя запись появляется при проведении документов с изменениями оплаты труда), соответственно в случае, когда неправильно был указан перечень входящих показателей для совокупной тарифной ставки мы можем отредактировать этот регистр по сотруднику вручную.